《方案》研制历时2年多，汇聚了高教战线众多高水平专家和一线教师的智慧与心血，主要分为四个过程：
一是深入学习贯彻中央精神。系统学习领会习近平总书记关于教育的重要论述、全国教育大会精神，全面对标对表中央、教育部党组最新政策文件，并将有关要求融入《方案》，准确把握新一轮审核评估的正确方向。
二是聚焦重点难点问题开展专题研究。组建50余名高水平研制专家组集体攻关，与国内知名高校深度合作，围绕“立德树人”“创新创业教育”“课堂革命”等设立多个研究课题，系统研究了40多个国家和地区高等教育质量保障新经验和新趋势，形成9个专题研究报告，夯实了《方案》研制的理论支撑。
三是深入一线开展全面调研。先后赴清华大学、北京大学、北京市教委等各地高校和省（区、市）教育行政部门召开9次专题调研会，广泛开展深度访谈、专题研讨、问卷调查，咨询280余位专家学者，收回1000余份问卷，奠定《方案》研制的实践基础。
四是广泛听取各方意见。面向教育部本科教育教学评估专家委员会、有关部门（单位）教育司（局）、31个省（区、市）教育行政部门和兵团教育局，覆盖全国1000余所普通高校，广泛征求各方意见。召开9次集中改稿会，对500余条意见逐条分析梳理，反复打磨修改。《方案》经教育部党组会审议通过后正式发布。