《方案》深入贯彻落实党的十九大和十九届二中、三中、四中、五中全会精神，贯彻落实习近平总书记关于教育的重要论述和全国教育大会精神，全面对接新时代教育评价、教育督导体制机制改革要求，在指导思想和工作目标层面进行顶层设计和制度安排，引导督促高校遵循高等教育规律和本科人才培养规律，聚焦本科教育教学质量全面提升。
指导思想上，始终把“五个坚持”作为新一轮审核评估的基本遵循和行动指南：一是坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导；二是坚持落实教育“四个服务”和新时代本科教育要求；三是坚持破除“五唯”顽瘴痼疾，扭转不科学的教育评价导向，落实立德树人根本任务；四是坚持以评促建、以评促改、以评促管、以评促强，引导高校内涵发展、特色发展、创新发展；五是坚持构建大学质量文化，引导高校建立健全本科教育教学质量保障体系，培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人。
工作目标上，强调把“一根本、两突出、三强化、五个度”作为新一轮审核评估的共同愿景和价值追求。一根本：即全面落实立德树人根本任务，建立健全立德树人落实机制，把立德树人成效作为检验学校一切工作根本标准。两突出：即突出“以本为本”，确保本科教育教学核心地位；突出“四个回归”，落实“三个不合格”“八个首先”有关要求，引导高校“五育”并举倾心培养时代新人。三强化：即以学生发展为本位，强化学生中心、产出导向、持续改进，推动人才培养范式从“以教为中心”向“以学为中心”转变。五个度：即注重人才培养目标的达成度、社会需求的适应度、师资和条件的保障度、质量保障运行的有效度、学生和用人单位的满意度。
工作原则上，一是坚持立德树人。把牢社会主义办学方向，构建以立德树人成效为根本标准的评估体系，加强对学校办学方向、育人过程、学生发展、质量保障体系等方面的审核，引导高校构建“三全育人”格局。二是坚持推进改革。紧扣本科教育教学改革主线，落实“以本为本”“四个回归”，强化学生中心、产出导向、持续改进，以评估理念引领改革、以评估举措落实改革、以评估标准检验改革，实现高质量内涵式发展。三是坚持分类指导。适应高等教育多样化发展需求，依据不同层次不同类型高校办学定位、培养目标、教育教学水平和质量保障体系建设情况，实施分类评价、精准评价，引导和激励高校各展所长、特色发展。四是坚持问题导向。建立“问题清单”，严把高校正确办学方向，落实本科人才培养底线要求，提出改进发展意见，强化评估结果使用和督导复查，推动高校落实主体责任、建立持续改进长效机制，培育践行高校质量文化。五是坚持方法创新。综合运用互联网、大数据、人工智能等现代信息技术手段，深度挖掘常态监测数据，采取线上与入校结合、定性与定量结合、明察与暗访结合等方式，切实减轻高校负担，提高工作实效。